Islamic University of Europe, İslamî İlimleri Araştırma ve İhtisas Vakfı tarafından 03 Ağustos 2001 tarihinde Hollanda, Türkiye, Fas, Irak ve Suriyeli bir grup akademisyen tarafından Hollanda’nın Rotterdam-Schiedam şehrinde kuruldu. Kuruluş aşamasında bünyesinde İslami İlimler Fakültesi, İslami İlimler Yüksekokulu ve lisansüstü çalışmaların yapıldığı İslam Araştırmaları Merkezi bulunduran Üniversite, Hollandaca ve Arapça dillerinde eğitim öğretim faaliyetlerine başladı.
Avrupa’da yaşayan Müslüman kitleye İslam dinini “akademik bir ortamda” öğretmeyi hedefleyen üniversitenin ilk rektörü Prof. Dr. Süleyman Ateş, Eylül 2002 tarihinde görevi Prof. Dr. Ahmed Bağdadi’ye devretmiştir. Eylül 2003 tarihinden itibaren Prof. Dr. Nedim Bahçekapılı, Üniversite’nin rektörü olarak görev yapmaktadır.
Islamic University of Europe uluslararası bir İslam Üniversitesi olma yolunda ilk adımını 2006 yılında atmış ve uzaktan eğitim faaliyetlerine başlamıştır. İnternet sitesi aracılığı ile öğrencilere ders notları sunulmuş, Hollanda’nın yanı sıra Belçika, Almanya ve Türkiye’den uzaktan eğitim programlarına öğrenci kayıtları alınmıştır.
Üniversitemiz 2007 yılında Belçika’nın Brüksel şehrinde İslami İlimler Fakültesini açarak sayıları 30 milyona ulaşan Avrupalı Müslümanların İslam dininin akademik bir ortamda öğretildiği yeni bir merkeze kavuşmalarını sağlamıştır.
İslami ilimlerin öğretilmesinde Arap dilinin vazgeçilmez bir unsur olmasından ve Üniversite’nin, öğrencilerine Arap ülkelerinde kısa süreli eğitimler sunabilmesi amacıyla Bahreyn’de el-Bedil Araştırmalar Merkezi ile 2009 yılında çözüm ortaklığı kurulmuştur. Yüksek öğretim seviyesinin oldukça ileri düzeyde olduğu bu Körfez ülkesinde kurulan üniversitemiz irtibat bürosu aracılığı ile Arap dünyasındaki üniversitelerle işbirliği ve ortak projeler üretilmesi hedeflenmiştir.
Islamic University of Europe bünyesinde 2009 yılı itibariyle Diller ve Medeniyetler Fakültesi, 2010 yılı itibariyle de İnsani Bilimler Fakültesi kurulmuş, böylece üniversitemizin eğitim yelpazesi biraz daha genişlemiştir.