Üniversite yönetim kurulu; rektörün başkanlığında, rektör yardımcısı ve dekanlardan oluşur. Üniversite yönetim kurulu idari faaliyetlerde rektöre yardımcı bir organ olup belirlenen plan ve programlar doğrultusunda rektöre yardım eder. Faaliyet plan ve programlarının uygulanmasını sağlayarak üniversiteye bağlı birimlerin önerilerini dikkate alır. Yatırım programını, bütçe tasarısı taslağını inceler ve bunu kendi önerileri ile birlikte rektörlüğe sunar. Fakülte ve yüksekokul yönetim kurullarının kararlarına yapılacak itirazları inceleyerek kesin karara bağlarlar.
Yönetim Kurulu
| Prof. Dr. Nedim Bahçekapılı | Yönetim Kurulu Başkanı | Rektör | |
| Prof. Dr. Marzouk Ewlad Abdellah | Hollanda İslami İlimler Fak. Dekanı | Üye | |
| Prof. Dr. Ahmet Ağırakça | Üniversite Uzaktan Eğitim Birimi Başkanı | Üye | |
| Doç. Dr. Mustafa Dönmez | Brüksel İslami İlimler Fakültesi Dekanı | Üye | |
| Prof. Dr. Johan Hendrik Meuleman | Üniversite Mütevelli Heyeti Üyesi | Üye |


